Der Hauptfokus der Forschungsgruppe liegt auf der genetischen Analyse fossiler DNS aus menschlichen Überresten. Dabei kommen neuartige Methoden der Hochdurchsatz-DNS-Sequenzierung und der gezielten DNS-Anreicherung zum Einsatz, um Einblick in die Geschichte und die Evolution ausgestorbener menschlicher Populationen zu gewinnen. Zusätzlich werden in der AG Krause genomweite Analysen historischer Pathogene durchgeführt, um Einblicke in die Evolution der Infektionskrankheiten zu erlangen und die Auslöser großer humaner Pandemien zu identifizieren.